通道效應是指佈植離子沿著單晶矽中原子排列稀疏的晶軸（通道）方向射入時，幾乎不受原子核碰撞，深入到遠超出預期深度的現象。它會以深度分布尾端拉長的「通道效應拖尾」出現，成為偏離目標接面深度的原因。
矽是晶體，因此依觀察方向不同，原子的排列會呈現緻密或稀疏。從〈100〉或〈110〉等主要晶軸方向看，原子列之間有空隙（通道），從這個方向進入的離子會在靜電作用下維持軌道，一路往深處前進。與從隨機方向射入時的射程相比，有時可達數倍深。
實務上的標準對策是將晶圓傾斜後進行佈植。多數製程採用約7度的傾斜角（tilt），再加上約22度的扭轉角（twist，面內旋轉角），使離子束偏離主要晶軸。但傾斜會產生摻雜物無法進入深圖形陰影處的「遮蔽效應（shadowing）」，因此在微細且高深寬比的結構中，傾斜角無法取得太大。
另一個對策是PAI（預非晶化佈植）。事先打入鍺等重離子使表面變成非晶質，那裡就不存在晶軸本身，通道效應在原理上便不會發生。在需要淺接面的先進節點中，這種手法已成為標準做法。
此外，當佈植量增加、晶體自然非晶化後，通道效應會自動減弱，因此其影響程度隨劑量而變。即使條件相同，佈植初期與後期的分布也會不同，就這層意義而言，它也是一個難以管理重現性的參數。