微粗糙度（Microroughness）是晶圓等表面上，高度從原子等級到奈米程度的細微凹凸（表面粗糙度）。晶圓表面形狀依凹凸的橫向尺寸（空間波長），分為晶圓整體的翹曲與平坦度、數mm範圍起伏的奈米形貌（nanotopography），以及更細微的微粗糙度來管理。鏡面拋光矽晶圓的微粗糙度，以均方根（RMS）計約為0.1nm，相當於1～2個原子大小的微小數值。
微粗糙度除了以原子力顯微鏡（AFM）掃描表面直接量測外，晶圓全面則以雷射光散射量測。表面有細微凹凸時光會些微散射，使整片晶圓看起來像蒙上一層薄霧，因此這種散射強度稱為霧度（Haze），由微粒檢測設備同時量測。表面粗糙度的數值以平均粗糙度Ra或均方根Rq（RMS）表示，由於數值會隨量測範圍與設備而改變，需在相同條件下比較。
微粗糙度會影響元件特性與製程品質。矽表面粗糙時，其上形成的閘極氧化層厚度與絕緣可靠度會產生變異，流經通道的載子也會因介面凹凸而散射，使遷移率下降。在晶圓之間直接貼合的接合中，表面粗糙會使接合強度變弱並產生空洞（void）。在清洗方面，使用氨水與過氧化氫的SC1清洗會些微蝕刻矽，已知氨濃度高時表面會變粗糙，因此會稀釋藥液以抑制粗化。磊晶成長、熱處理與CMP的條件也會影響微粗糙度。