ストッパ膜（研磨ストップ層）とは、CMPで削りすぎを防ぐために、あらかじめ下地に仕込んでおく研磨されにくい膜のことです。研磨が進んでこの層が露出すると、スラリーの選択比によって除去レートが急激に落ちるため、研磨が実質的にそこで止まり、時間管理だけに頼らずに狙いの深さで終えられます。
代表例がSTI-CMPの窒化膜（SiN）ストッパです。活性領域の上にSiNを残した状態でトレンチを酸化膜で埋め、SiO₂に対する選択比の高いセリア系スラリーで研磨すると、SiNが露出した時点で研磨が停止します。その後SiNを熱リン酸などで除去すれば、トレンチにだけ酸化膜が残った素子分離構造が得られます。ストッパ膜がなければ、活性領域まで削り込んでしまいます。
この仕組みが成立する条件は、スラリーの選択比です。削りたい材料と止めたい材料の除去レート比が十分に大きくなければストッパとして働かないため、砥粒種と添加剤（SiN表面に吸着して保護する薬剤など）で選択比を作り込みます。選択比が高すぎても、パターン密度差による残膜が消えないという別の問題が出るため、適正値が設計されます。
メタルCMPでも同様の考え方が使われます。銅ダマシンではバリアメタル（TaN/Ta）が事実上の中間ストッパとして機能し、バリアCMPのステップで選択比を切り替えて絶縁膜との境界を合わせます。研磨対象・ストッパ・下地という三者の選択比の組合せが、ディッシングとエロージョンの量を決めます。
ストッパ膜は最終的に除去されるか、あるいはそのまま次工程の一部として残ります。いずれにせよ「研磨を止めるためだけに膜を1層足す」というコストを払っているわけで、その代わりに得られるのが深さ方向の再現性です。エンドポイント検出が時間軸で終点を捉える技術だとすれば、ストッパ膜は材料選択比で終点を作り込む技術だと言えます。