セルフアライン（Self-Alignment：自己整合）とは、すでにウェハ上にある構造そのものをマスクや目印として使い、次に作るパターンの位置を、露光装置による位置合わせなしに自動的に合わせる製造の手法です。露光での位置合わせには必ず誤差（オーバーレイ誤差）が伴いますが、セルフアラインでは既存の構造に対して位置が自然に決まるため、その誤差を見込んだ余白を取らずに済み、素子を小さく、特性をそろえて作れます。
代表例が、MOSトランジスタのセルフアラインゲートです。先にゲート電極を作り、それをマスクにしてイオン注入を行うと、ソースとドレインがゲートの両側にぴったり接して形成されます。ゲートとソース・ドレインを別々の露光で作っていた時代に比べ、重なりによる余分な容量がなくなり、トランジスタの高速化と微細化に大きく貢献しました。ゲートの側面に絶縁膜の壁（サイドウォールスペーサー）を作り、それをマスクにしてLDDや本体の拡散層を作り分ける方法や、シリコンが露出した部分だけに金属シリサイドを作るサリサイド（Self-Aligned Silicide）も、同じ考え方に基づきます。
先端の工程では、セルフアラインは微細化の要となっています。ゲートとコンタクトの間を絶縁膜で守ってずれても短絡しないようにするセルフアラインコンタクト（SAC）、露光で作った芯の側壁に付けた膜を使ってピッチを半分にするSADP・SAQP（自己整合ダブル・クアドルプルパターニング）、上下の配線に合わせて穴の位置を決めるセルフアラインビアなどがあります。露光の解像度や位置合わせの精度の限界を、成膜とエッチングの組み合わせで補う手法として、多くの工程で使われています。