アライメント（Alignment）とは、位置合わせのことで、半導体製造では、ウェハ上にすでに作られたパターンに対して、次に転写するパターンや貼り合わせる相手の位置を正確に合わせる操作を指します。最も代表的なのは露光装置でのアライメントで、数十層に及ぶ回路パターンを、前の層の上にナノメートルの精度で重ねるために欠かせません。位置合わせの誤差は位置ずれ（ミスアライメント）と呼ばれ、層どうしの重なりのずれは重ね合わせ（オーバーレイ）の誤差として測られます。
露光装置は、前の層で作ったアライメントマークを光学的に読み取って、ウェハの位置・回転・伸び縮みを求め、ステージを動かして次の露光の位置を補正します。ウェハ上の代表的な数か所から全体のずれを統計的に求めて補正するグローバルアライメントが主流で、ウェハの変形まで細かく補正するために測る点数を増やし、高次の補正を行う方法も使われます。露光の前段では、ウェハのノッチやオリエンテーションフラットを使って大まかな向きを合わせるプリアライメントを行います。先端品では、レチクルの位置合わせや装置ごとの癖まで含めて、重ね合わせ誤差を数nm以下に抑えます。
アライメントは後工程や接合でも重要です。チップとウェハ、ウェハどうしを貼り合わせるハイブリッドボンディングでは、電極の間隔が数μm以下と細かいため、接合前に上下のマークを読み取ってサブミクロンの精度で位置を合わせます。ダイボンダーやフリップチップボンダーでも、カメラでチップと基板のマークを認識して位置を合わせてから搭載します。マスクレス露光や電子線描画でも、描画の前にマークを読み取って位置を合わせます。